Tindak balas sangat dikawal oleh efektor alosterik seperti glukosa 6-fosfat (pengaktif) dan tindak balas fosforilasi (menyahaktifkan). Tindakan pengaktifan alosterik glukosa 6-fosfat membolehkan glikogen sintase beroperasi sebagai penderia glukosa 6-fosfat. Fosforilasi nyahaktif dicetuskan oleh hormon glukagon, yang dirembeskan oleh pankreas sebagai tindak balas kepada penurunan paras glukosa darah. Enzim juga memecahkan ikatan ester antara kedudukan C1 glukosa dan pirofosfat UDP itu sendiri.

Kawalan glikogen synthase adalah langkah utama dalam mengawal metabolisme glikogen dan penyimpanan glukosa. Glikogen sintase dikawal secara langsung oleh glikogen sintase kinase 3 (GSK-3), AMPK, protein kinase A (PKA), dan kasein kinase 2 (CK2). Setiap kinase protein ini membawa kepada sintase glikogen terfosforilasi dan tidak aktif secara pemangkin. Tapak fosforilasi glikogen sintase diringkaskan di bawah.